Ubuntu 22.04 内核自动升级导致 MongoDB 7.0.12 错误记录

本文最后更新于：2025年8月8日晚上

Ubuntu 的内核自动升级导致 Mongodb 无法正常启动，没有找到解决方案，本文记录问题出现和解救的过程。

问题描述

服务器在 2025.07.08 Ubuntu 22.04 自动升级系统内核，从 6.8.0-52-generic 升级到 6.8.0-60-generic

之后 MongoDB 7.0.12 便无法正常启动

日志中显示 WiredTiger 存储引擎遇到了严重的损坏问题，关键错误信息
1
2
3
WiredTiger error: WT_TRY_SALVAGE: database corruption detected __wt_turtle_read: fatal turtle file read error WT_PANIC: WiredTiger library panic
核心问题是WiredTiger存储引擎无法读取WiredTiger.turtle文件，这是存储元数据的关键文件。

在 Docker 的错误日志中最后一句，错误码 6：

1	`subprocess.CalledProcessError: Command '['mongod', '--configsvr', '--directoryperdb', '--replSet', 'fates-mongo-config', '--bind_ip_all']' died with <Signals.SIGABRT: 6>.`

挣扎过程记录

Mongo 啊，崩了啊，天塌了

尝试修复 MongoDB

1	`docker run -it --rm -v /data/mongo/db:/data/db mongodb/mongodb-community-server:7.0.12-ubuntu2204 mongod --repair --directoryperdb`

依然报错。

尝试更加激进的修复

1	`docker run -it --rm -v /data/mongo/db:/data/db mongodb/mongodb-community-server:7.0.12-ubuntu2204 mongod --repair --directoryperdb --wiredTigerEngineConfigString="salvage=true"`

修复没有成功，修复报错检测到硬件级的数据损坏（checksum 不匹配）：

1	`potential hardware corruption, read checksum error for 4096B block at offset 16384`

多次尝试恢复失败：

1 2	`Failed to start up WiredTiger under any compatibility version Failed to salvage WiredTiger metadata`

最终错误：

1 2	`-31809: WT_TRY_SALVAGE: database corruption detected`

重新运行 MongoDB 依然报错，但是错误信息变了，错误码 14。

subprocess.CalledProcessError: Command '['mongod', '--repair', '--dbpath', '/data/db', '--directoryperdb', '--wiredTigerEngineConfigString=salvage=true', '--bind_ip_all']' returned non-zero exit status 14.

硬件状态检查

此时怀疑硬件出错，检查了半天硬盘、Raid，都没有问题。
数据回溯

无奈没有检查到问题原因，启动群晖的数据恢复功能，回档了一个月，我确定那时候的数据库是可以用的。

当数据回溯结束后再次启动 MongoDB 时，却依然报错！！！！？？？
- 错误码还是 14
此时基本可以确定不是 MongoDB 、文件、硬盘的问题，八成是内核升级导致的不兼容问题。

检查系统内核升级记录

查看已安装的内核：

apt list --installed | grep linux-image

-->
WARNING: apt does not have a stable CLI interface. Use with caution in scripts.

linux-image-6.8.0-52-generic/jammy-updates,jammy-security,now 6.8.0-52.53~22.04.1 amd64 [已安装，自动]
linux-image-6.8.0-60-generic/jammy-updates,jammy-security,now 6.8.0-60.63~22.04.1 amd64 [已安装，自动]
linux-image-generic-hwe-22.04/jammy-updates,jammy-security,now 6.8.0-60.63~22.04.1 amd64 [已安装，自动]

发现有多个版本，存在版本切换的可能

查看内核启动日志

$ sudo journalctl -k --list-boots

-->
-5 e1093f0931924eea9f9ea8649be2d057 Wed 2025-02-05 05:45:33 CST—Fri 2025-02-07 10:24:25 CST
-4 7d68ae798d8746c1bca73101205d7f95 Fri 2025-02-07 10:28:20 CST—Tue 2025-02-11 09:30:08 CST
-3 ca1b8e8e753e4e15993b193dfc1e79fc Tue 2025-02-11 09:33:52 CST—Thu 2025-02-13 12:28:32 CST
-2 7ba7c096953445eebb8191bff3897ec5 Thu 2025-02-13 12:32:14 CST—Thu 2025-06-26 18:32:10 CST
-1 05b99060b7894fdb8c91c6c58dbfcbea Tue 2025-07-08 09:19:50 CST—Wed 2025-07-09 13:12:58 CST

我的问题就是出现在 2025-07-08，当时确实出现了内核版本切换

查看某次启动的内核版本：

sudo journalctl -k -b  | grep "Linux version"    # 当前内核
Jul 09 13:14:44 bolight-PowerEdge-T640 kernel: Linux version 6.8.0-52-generic (buildd@lcy02-amd64-099) (x86_64-linux-gnu-gcc-12 (Ubuntu 12.3.0-1ubuntu1~22.04) 12.3.0, GNU ld (GNU Binutils for Ubuntu) 2.38) #53~22.04.1-Ubuntu SMP PREEMPT_DYNAMIC Wed Jan 15 19:18:46 UTC 2 (Ubuntu 6.8.0-52.53~22.04.1-generic 6.8.12)



sudo journalctl -k -b -1 | grep "Linux version"  # 上次切换
Jul 08 09:19:50 bolight-PowerEdge-T640 kernel: Linux version 6.8.0-60-generic (buildd@lcy02-amd64-098) (x86_64-linux-gnu-gcc-12 (Ubuntu 12.3.0-1ubuntu1~22.04) 12.3.0, GNU ld (GNU Binutils for Ubuntu) 2.38) #63~22.04.1-Ubuntu SMP PREEMPT_DYNAMIC Tue Apr 22 19:00:15 UTC 2 (Ubuntu 6.8.0-60.63~22.04.1-generic 6.8.12)



sudo journalctl -k -b -2 | grep "Linux version"  # 上上次
Feb 13 12:32:14 bolight-PowerEdge-T640 kernel: Linux version 6.8.0-52-generic (buildd@lcy02-amd64-099) (x86_64-linux-gnu-gcc-12 (Ubuntu 12.3.0-1ubuntu1~22.04) 12.3.0, GNU ld (GNU Binutils for Ubuntu) 2.38) #53~22.04.1-Ubuntu SMP PREEMPT_DYNAMIC Wed Jan 15 19:18:46 UTC 2 (Ubuntu 6.8.0-52.53~22.04.1-generic 6.8.12)

可以看到，原本 2月份的内核（6.8.0-52）在 7月8日切换到了 6.8.0-60，导致问题出现，直到我切换回 6.8.0-52。

切换回原来的内核后重启 MongoDB
- 方法一：临时方法（推荐先尝试）
1
2
sudo grub-reboot 'Advanced options for Ubuntu>Ubuntu, with Linux 6.8.0-52-generic' sudo reboot
这会让你下次启动时使用 6.8.0-52 内核。
- 方法二：永久方法
编辑 /etc/default/grub 文件：
1
sudo vim /etc/default/grub
找到 GRUB_DEFAULT 行，修改为：
1
GRUB_DEFAULT="Advanced options for Ubuntu>Ubuntu, with Linux 6.8.0-52-generic"
然后更新 GRUB：
1
2
sudo update-grub sudo reboot
仍然报错 14

此时是因为数据恢复后数据本是正确的，但是我用过高版本的内核启动过这些 MongoDB，又给改坏了，导致降低内核版本后仍无法读取
再次回溯数据

MongoDB 仍然无法正常运行，这是一次失败的抢救，记录于此 …

关闭内核升级

方法一：使用 `apt-mark hold` 锁定内核版本

查看当前内核版本

1
2
3

uname -r

6.8.0-52-generic

锁定内核相关包，防止自动升级

sudo apt-mark hold linux-image-generic linux-headers-generic
sudo apt-mark hold linux-image-$(uname -r) linux-headers-$(uname -r)

-->
linux-image-generic 设置为保留。
linux-headers-generic 设置为保留。
linux-image-6.8.0-52-generic 设置为保留。
linux-headers-6.8.0-52-generic 设置为保留。

验证是否锁定成功：

$ apt-mark showhold
linux-headers-6.8.0-52-generic
linux-headers-generic
linux-image-6.8.0-52-generic
linux-image-generic

这样 apt upgrade 或 unattended-upgrades 就不会自动升级内核。

方法二：禁用 `unattended-upgrades` 自动更新内核

Ubuntu 默认启用 unattended-upgrades 自动更新，我们可以配置它不更新内核。

编辑 unattended-upgrades 配置

1	`sudo vim /etc/apt/apt.conf.d/50unattended-upgrades`

找到以下行：

Unattended-Upgrade::Allowed-Origins {
    "${distro_id}:${distro_codename}";
    "${distro_id}:${distro_codename}-security";
    "${distro_id}ESM:${distro_codename}";
};

在 Allowed-Origins 后面添加：

Unattended-Upgrade::Package-Blacklist {
    "linux-image-*";
    "linux-headers-*";
    "linux-modules-*";
};

重启 unattended-upgrades

1	`sudo systemctl restart unattended-upgrades`

验证是否生效

1	`sudo unattended-upgrade --dry-run --debug`

检查输出是否跳过了 linux-image-* 和 linux-headers-* 相关包。

文章链接：
https://www.zywvvd.com/notes/coding/dataset/ubuntu-kernel-mongo-error/ubuntu-kernel-mongo-error/

“觉得不错的话，给点打赏吧 ୧(๑•̀⌄•́๑)૭”

微信支付

支付宝支付

Coding > Database > MongoDB

#Coding #Database #MongoDB

Ubuntu 22.04 内核自动升级导致 MongoDB 7.0.12 错误记录

https://www.zywvvd.com/notes/coding/dataset/ubuntu-kernel-mongo-error/ubuntu-kernel-mongo-error/

作者

Yiwei Zhang

发布于

2025年7月9日

许可协议

Redis 数据库介绍上一篇

ubuntu 20.04 安装 ROS Noetic 下一篇

问题描述

挣扎过程记录

关闭内核升级

方法一：使用 apt-mark hold 锁定内核版本

方法二：禁用 unattended-upgrades 自动更新内核

方法一：使用 `apt-mark hold` 锁定内核版本

方法二：禁用 `unattended-upgrades` 自动更新内核